Не вижу проблем.
3 разные директории.
3 разные БД.
поменять порт 8001 на понравившийся
opds_catalog/management/commands/sopds_server.py: parser.add_argument('--port',action='store', dest='port', default=8001, help='Set server port')
Или использовать вебсервер с wsgi и виртуальными хостами.
Но зачем?